Secara umum, perumahsakitan dipahami sebagai suatu usaha berbentuk organisasi jasa yang memproses input dan menghasilkan jasa pelayanan kesehatan. Dalam penyelenggaraannya, Rumah Sakit mengalami berbagai dinamika yang dipengaruhi oleh kebijakan politik dari Pemerintah baik secara langsung maupun tidak langsung.

Tetapi seiring dengan terjadinya perubahan dalam dinamika lingkungan, maka pada saat ini Rumah Sakit melaksanakan fungsinya di bidang kuratif, promotif, preventif dan rehabilitatif sebagaimana telah diatur dalam Undang-Undang No. 44 Tahun 2009 tentang Rumah Sakit. Dengan demikian, perubahan yang terjadi di lingkungan industri Rumah Sakit Indonesia berdampak pada kelembagaan Rumah Sakit itu sendiri.

Rumah Sakit Santa Anna Kendari,merupakan salah satu Rumah Sakit Sakit umum swasta yang ada di kota Kendari yang didirikan oleh seorang Misionaris asal Belgia yakni Pastor Dokter Lemens Clemens pada 10  Agustus tahun 1968.

Tujuan berdirinya Rumah Sakit Santa Anna Kendari pada mulanya adalah  sebagai sebuah balai pengobatan/poliklinik dan BKIA dengan jumlah tempat tidur yang sangat terbatas yakni 10 tempat tidur. Fungsi utama dari berdirinya Rumah Sakit ini  adalah guna melayani masyarakat umum yang sangat membutuhkan pelayanan kesehatan, dimana pada masa ini fasilitas kesehatan di kota Kendari masih sangat terbatas.

Melihat dengan perkembangan selama setahun, akhirnya pada tahun  1969  Poliklinik Santa Anna ini di resmikan oleh bapak Gubernur Sulawesi Tenggara H.Eddy Sabara yang  sekaligus merubah status dari poliklinik menjadi Rumah Sakit Umum Santa Anna. Pada saat diresmikan tahun 1969,fasilitas di Rumah Sakit ini sudah semakin berkembang dan jumlah bad juga bertambah menjadi 52 tempat tidur.

Dari tahun ke tahun jumlah fasilitas semakin bertambah dan jumlah kunjungan pasien juga semakin meningkat akhirnya pada tahun 1970  Pastor Dokter Lemens Clemens meminta bantuan dari suster-suster tarekat JMJ yang bergerak di bidang kesehatan untuk berkarya secara permanen di Rumah Sakit Santa Anna.Di sini beberapa  suster JMJ mulai mengembangkan misi pelayanan kesehatan untuk wilayah Sulawesi Tenggara disamping mereka sebagai pelayan umat di bidang pastoral. Ada beberapa Suster JMJ yang mengembangkan misi pelayanan kesehatan  di wilayah kota Kendari dan Sulawesi Tenggara pada umumnya yaitu : Sr.Betranda JMJ,Sr.Cristophora JMJ,Sr.Guisepha.L JMJ.  Tahun pun terus berganti terjadilah rotasi suster-suster JMJ,ada yang datang dan ada yang meninggalkan Rumah Sakit Santa Anna.Selanjutnya ada beberapa suster JMJ yang masuk menggantikan suster yang datang di tahun 1970,antara lain : Sr.Theodora Kaunang JMJ, Sr.Beatrix Umboh JMJ, Sr.Josephi Kaparang JMJ, Sr.Asumtiah JMJ.

Awal tahun 1973,Pastor Dokter Lemmens  Clemens di dampingi oleh seorang dokter lainnya yaitu Dokter John Manupassa dan di tambah lagi dengan beberapa tenaga para medis,yang secara bersama-sama dan bahu membahu membangun Rumah sakit dan meningkatkan kualitas dan  sumber dayayang dimiliki,untuk semakin memperbaiki  pelayanan kesehatan khususnya bagi masyarakat kota kendari dan bahkan Sulawesi Tenggara pada umumnya. Akhirnya Rumah Sakit Santa Anna ini mulai berkembang dan namanya semakin terkenal di seluruh wilayah  Sulawesi Tenggara.

Bukti Keprihatinan dan kecintaannya terhadap masyarakat Sulawesi Tenggara, Pastor Dokter Lemmens Clemens telah menyiapkan sebuah Rumah Sakit Umum Swasta yang beliau berinama Rumah Sakit Umum Santa Anna,yang akhirnya pada 11 Agustus tahun 1974 Pastor Dokter Lemmens Clemens meninggal dunia akibat serangan jantung.Mulai saat itu sebagai penanggung jawab di Rumah Sakit Santa Anna di angkatlah dokter John Manupassa sebagai Dierktur Rumah Sakit Santa Anna.Selanjutnya Dokter John Manupassa Mengembangkan tugasnya sebagai Direktur Rumah Sakit Santa Anna sampai tahun  1978.

Pada tahun 1978, Kepemimpinan di Rumah Sakit ini pun di ganti dari pimpinan sebelumnya Dokter John Manupassa ke Pimpinan yang baru yaitu Dokter Robby Waelan.Di tangan kepemimpinan dokter Robby Waelan, Rumah Sakit Santa Anna pun semakin berkembang,sehingga pada tanggal 31 Maret  tahun 1982 Rumah Sakit Santa Anna menerima  suster Joseo Mandagi JMJ utusan dari keuskupan Agung Ujung Pandang sebagai pengelola  yayasan Sentosa Ibu yang akan menyerahkan Rumah Sakit Santa Anna ke yayasan Yoseph milik tarekat JMJ,untuk mengelola Rumah Sakit Santa Anna selanjutnya. Pada saat yang bersamaan kepemimpinannya pun di ganti dari Direktur sebelumnya dokter Robby Waelan ke direktur yang baru yaitu dokter Johanes Tendean.

Pada masa kepemimpinan dokter Johanes Tendean,Rumah Sakit Santa Anna berada di bawah naungan yayasan Yoseph,yang semakin  berbenah dan memperlihatkan sistem pelayanan yang sangat baik,sehingga setiap saat Rumah Sakit Santa Anna pun menerima rujukan dari setiap daerah yang ada di Sulawesi Tenggara.Pembenahan dari waktu ke waktu  membuat Rumah Sakit Santa Anna menambahkan beberapa fasilitas tempat tidur yakni menjadi 63 Tempat tidur di masa kepemimpinan dokter Johanes Tendean.Seiring dengan perjalanan waktu kepemimpinan dokter Johanes pun berakhir di tahun 1999

Selanjutnya di tahun 1999 terjadi serah terima jabatan Direktur baru dari direktur sebelumnya dokter Johanes Tendean ke direktur yang baru  Letkol CKM (Purn)dokter Aloysius Unggul Pribadi,pada masa kepemimpinan dokter AL Unggul Pribadi status pengelolaan Rumah Sakit Santa Anna diserahkan ke Yayasan Citra Ratna Nirmala.Dimasa kepemimpinan dokter AL.Unggul Pribadi,Fasilitaspun semakin di benahi seperti pembangunan ruang I C U, hingga meningkatkan jumlah  tempat tidur dari 63 menjadi 67 tempat tidur.  Beliau menjabat sebagai Direktur RS Santa Anna hingga tahun 2011.yang akhirnya beliau mendapt serangan jantung dan meninggal dunia.

Setelah dokter Al.Unggul Pribadi meninggal dunia,tongkat kepemimpinan di Rumah Sakit Santa Anna pun di serahkan ke dokter Mario Polo Widjaya,M.Kes,Sp.OT,dan status pengelolaan  Rumah Sakit inipun beralih ke PT.Citra Ratna Nirmala. Dalam mengemban tugasnya sebagai direktur, beliau banyak membenahi  Rumah Sakit ini, Merenovasi UGD, Laboratorium, pengadaan peralatan poliklinik gigi dsb. Dokter Mario Polo Widjaya,M.Kes,Sp.OT memimpin Rumah Sakit Santa Anna dari tahun 2011 sampai saat ini.

Dalam perkembangan pelayanannya, RS. Santa Anna Kendari telah melakukan berbagai upaya pembenahan, baik dari aspek Sumber Daya Manusia (SDM), Sarana & Prasarana, maupun Sistem Tata Kelola untuk meningkatkan kualitas pelayanan yang diberikan sesuai dengan perkembangan kebutuhan masyarakat.